MGS, su havzasındaki su kaynaklarının ve canlı hayatının korunmasını sağlamak üzere su kaynakları için sürdürülebilir bir koruma-kullanma dengesi gözetilerek havzanın bütünü esas alınarak havza yönetim planı hazırlanmasında destek vermektedir.

MGS, içme ve kullanma suyu temin edilen, edilmesi planlanan su kaynaklarının korunması ve iyileştirilmesi maksadıyla; her bir kaynak ve havzanın genel özelliklerinin, su kalitesini etkileyen kirletici kaynakların ve su kalitesine dair verilerin bilimsel yöntemlerle tespit edilerek, modelleme, analiz ve sentezinin yapılması, koruma alanlarının ve bu alanlarda suyun kirlenmesinin önlenmesi amacıyla yapılacak uygulamalar ile hükümlerin belirlenmesi çalışmalarını yürütmektedir.

MGS, muhtemel   kuraklık   riskleriyle karşılaşıldığında  yaşanacak olan olumsuz etkilerin azaltılmasında, su kıtlığında alınması gereken tedbirlerin belirlenmesinde ve kuraklık problemlerinin çözümüne yönelik olarak kuraklık öncesinde, esnasında ve sonrasında alınacak tedbirlerin oluşturulmasında destek vermektedir.

MGS, Taşkın Yönetim Planları ile taşkınların insan sağlığı, çevre, kültürel miras ve ekonomik faaliyetler üzerindeki potansiyel olumsuz etkileri, topografya, dere ve nehirlerin güzergâhı ile doğal su tutma alanları, taşkın yatakları, genel jeolojik-hidrojeolojik özellikler, taşkına karşı yapılmış mevcut altyapıların etkinlik düzeyi, yerleşim alanlarının konumu, ekonomik faaliyet alanları, stratejik yapılar ve iklim değişikliğinin olası etkilerini dikkate alan havza temelli bir değerlendirme yapmaktadır.

MGS, yüzeysel (nehir, göl, geçiş suyu, kıyı suyu) ve yer altı sularının; biyolojik, kimyasal, fiziko-kimyasal ve hidromorfolojik kalitelerinin belirlenmesi, sınıflandırılması, su kalitesinin ve miktarının izlenmesi, korunması ve iyi su durumuna ulaşılması için alınacak tedbirlere yönelik hizmetler vermektedir.

İklim değişikliği; insan faaliyetlerinin  doğrudan  ya  da  dolaylı  olarak  atmosfer  bileşimini  etkilemesi sonucu iklimde meydana gelen değişiklik olarak tanımlanmaktadır.

MGS; iklim değişikliğinin Türkiye’deki yeraltı ve yer üstü su kaynaklarına etkilerinin tespiti ve  iklim değişikliğinin su kaynaklarına olumsuz etkilerinin bertarafı için uyum faaliyetleri önerileri geliştirilmesinde çözüm ortağı olmaktadır.